Paul Klee wurde am 18. Dezember 1879 als Sohn des deutschen Musiklehrers Hans Klee und dessen schweizerischen Frau, einer Sängerin, in Münchenbuchsee bei Bern geboren.

Klee verbrachte seine Kinderjahre in Bern. 1898 zogen seine Familie und er nach München. Dort erhielt Klee an einer Privatschule Zeichen- und Radierunterricht bei Heinrich Knirr. Ab 1900 studierte er an der Münchener Kunstakademie, zusammen mit Franz von Stuck. Danach folgte in den Jahren 1901 und 1902 mit Hermann Haller eine Studienreise nach Rom. Der Künstler kehrte zurück in seine Heimat nach Bern und lebte dort von 1902 bis 1906. In dieser Zeit entstanden Radierungen und erste Hinterglasmalereien. 1905 folgte ein weiterer Studienaufenthalt, diesmal in Paris. Im Jahr darauf heiratete Klee die Pianistin Lily Stumpf. Zusammen siedelten sie nach München über.

Dort traf Klee auf Werke von Vincent van Gogh und Paul Cezanne. 1907 wurde sein Sohn Felix geboren. Im folgenden Jahr stellte der Künstler seine Werke auf einer Ausstellung der Münchener und Berliner Secession aus. In dieser Zeit lernte er Wassily Kandinsky, Franz Marc, Hans Arp und andere Künstler der Gruppe "Der Blaue Reiter" kennen. 1910 zeigte das Berner Kunstmuseum Werke von Klee in Zürich, Winterthur und Basel. Anschließend präsentierte er 1911 seine Bilder erstmals auf einer Ausstellung der Galerie Thannhauser in München. Ein Jahr später waren seine Arbeiten auf der zweiten Ausstellung der Künstlervereinigung "Blauer Reiter" zu sehen. Die Künstlerpersönlichkeiten Alexej von Jawlensky, Rainer Maria Rilke und Herwart Walden zählten 1912 zum Bekanntenkreis des Malers.

Bei einem Besuch in Paris stieß Klee auf die Werke von Pablo Picasso, Georges Braque und Henri Matisse. 1913 beteiligte sich der Maler an der Ausstellung des Ersten Deutschen Herbstsalons. In dieser Zeit begann er auch mit der Aquarellmalerei. Mit August Macke und Louis René Moilliet unternahm er 1914 eine Reise nach Tunesien. Für seine künstlerische Entwicklung war sie ein wichtiger Meilenstein: Klee entdeckte nicht nur die Farbe als mögliches und notwendiges Kunstmittel für sich, sondern er beschäftigte sich ebenso mit dem Kubismus. Paul Klee leistete von 1916 bis 1918 seinen Kriegsdienst bei der deutschen Infanterie ab. Danach, 1920, folgte er dem Ruf des Architekten Walter Gropius, an das Bauhaus-Institut nach Weimar.

Dort war er zunächst als Formmeister tätig, später gab er Malunterricht. In München stellte er insgesamt 362 Werke aus. Vier Jahre später folgte Klees erste Ausstellung in New York. Der Künstler zog mit dem Bauhaus nach Dessau. Er beteiligte sich 1925 an der ersten Ausstellung der Gruppe "peinture surréaliste" in Paris, an der unter anderem auch Pablo Picasso, Max Ernst und Joan Miró teilnahmen. Ein Jahr später befand sich Klee unter den Mitbegründern der Künstlergruppe "Die Blauen Vier", zusammen mit Lyonel Feininger, Wassily Kandinsky und Alexej von Jawlensky. In dieser Zeit fertigte er hauptsächlich Bilder im konstruktiven und absoluten Stil an. Bevor er 1931 eine Professur an der Kunstakademie in Düsseldorf annahm, machte Klee eine Reise nach Ägypten.

Doch schon 1933, im Jahr der Machtübernahme der Nationalsozialisten, musste er auf deren Betreiben das Lehramt aufgeben. Er siedelte nach Bern über. 1935 machten sich bei Paul Klee die ersten Anzeichen von Sklerodermie, einer in seinem Fall tödlich verlaufenden Krankheit, bemerkbar. Er präsentierte in diesem Jahr seine Werke in Bern und Basel. 1937 diffamierten die Nationalsozialisten Paul Klee und seine Werke. 17 Bilder wurden in der Ausstellung "Entartete Kunst" in München gezeigt. Insgesamt 102 Werke wurden aus öffentlichen Museen entfernt. Für Paul Klees Arbeiten ist seine symbolische Formensprache charakteristisch. Dabei setzt er neben der Farbe auch religiöse Elemente als künstlerische Symbole ein. Besonders seine häufigen Engelsgestalten sind ein Merkmal seines Schaffens.

Weiterhin waren für seine Bilder die christliche Ikonographie und andere christliche Motive bedeutsam. Klees Darstellungen betreffen das Verhältnis des Menschen zur Natur und zur Gesellschaft. Dabei ist der Aufhänger oftmals ein individueller Zug des Menschen. Weiter fertigte der Künstler Karikaturen an, die die menschlichen Schwächen im kritischen Fokus haben.

Paul Klee starb am 29. Juni 1940 in Muralto im Tessin.